Süper Lig’in 2016-17 sezonunda Bursaspor’un deplasmanda Trabzonspor’u 2-1 yenerek ligde kaldığı mücadelede takımın başında olan genç teknik adam, ertesi sezon da Fransız çalıştırıcı Paul Le Guen ile kulübün yollarını ayırmasının ardından göreve gelerek, takımın başında son 6 maça çıktı. 2020/21 sezonu itibarıyla yeniden takımın başına geçen Mustafa Er ile 1 yıllık sözleşme imzalanırken, Bursaspor, TFF 1'inci Lig’i 10. sırada tamamladı. Bu sezonun başında ise tekrar anlaşma sağlanan 41 yaşındaki teknik adam ile 3 yıllık sözleşme imzalandı. Ancak, TFF 1'inci Lig’in ilk haftasında, sahasında ağırladığı Adanaspor ile 1-1 berabere kalan Bursaspor’da teknik direktör Mustafa Er ile yollar ayrıldı. Kulüpten yapılan açıklamada, genç teknik adama verdiği hizmetlerden ötürü teşekkür edildi. Aktif futbolculuk kariyerinde Bursaspor’un altyapısından yetişen ve uzun yıllar yeşil beyazlı forma ile ter döken Mustafa Er, A takımın başında ise toplamda 46 maçta görev aldı. Bu mücadelelerin 19’unu Bursaspor kazanırken, yeşil beyazlılar 21 karşılaşmada ise sahadan mağlubiyetle ayrıldı. Geride kalan 6 mücadele ise eşitlikle sona erdi.